Zweck der Unterschutzstellung der Mariannenaue als Naturschutzgebiet ist u.a. die Sicherung der die Rheininsel umgebenden Stillwasserbereiche wegen ihrer Bedeutung als international bedeutendes Rast- und Überwinterungsquartier für Schwimm- und Watvögel und als Brutgebiet bestandsbedrohter, auf störungsfreie Wasserflächen, Röhrichte und Auewald angewiesener Vogelarten.

Das Befahren der Stillwasserbereiche im Naturschutzgebiet „Mariannenaue“ innerhalb der die Insel umgebenden Parallelwerke von Rhein-km 512,04 bis Rhein-km 517,35 mit Wasserfahrzeugen ist in der Zeit vom 01. April bis zum 14. Oktober untersagt. Das Naturschutzgebiet ist in der Karte mit einer unterbrochen Linie gekennzeichnet. Der Bereich des Befahrensverbotes wird durch Schilder kenntlich gemacht.

Ausgenommen vom Verbot bleibt das Befahren der Stillwasserbereiche mit Wasserfahrzeugen in der Zeit vom 01. April bis zum 20. September in einem Abschnitt, der durch die südliche und westliche Grenze der Befahrensregelung und zur Insel Mariannenaue hin durch eine ausgetonnte Linie begrenzt wird, die von Rhein-km 515,0 bis zur westlichen Spitze der Insel Mariannenaue in einem Abstand von jeweils 40 m zum Ufer und von dort in gerader Linie bis zum nördlichen Parallelwerk verläuft. Dieser Bereich ist in der Karte schraffiert dargestellt.

Rein vorsorglich sei darauf hingewiesen, dass im gesamten Naturschutzgebiet nach wie vor vom 15. Oktober bis 31. März ein Befahrensverbot vorliegt.